海峽兩岸在台灣解除戒嚴開放大陸探親及大陸採行開放政策後，雙方互信基礎已逐漸建立，兩岸交流探親經商等亦形緊密因此兩岸間開放直航聲浪漸起，終於於92年春節配合實施「兩岸春節台商包機」初期只開桃園及高雄站；接者94年更開放陸籍航空公司經第三地直飛台灣，94.1.29中國國際航空公司搶得頭香，首航北京-高雄，此為兩岸分治46來第一架陸籍航空器降落本場之畫面！這可真是歷史性的一刻啊。
94/5/4為提升飛安宣導並加強與附近里民之互動，特辦理飛安宣導周活動，成效頗受肯定。
94/5/17本站協助屏東北機場新航廈落成，提供屏東旅客寬敞舒適之候機空間
94/7/1本站成立40周年，依慣例均由主任與所有同仁合影留念並餐敘，感謝同仁默默貢獻。
94/11/17本機場第一次辦理夜間災害防救演習驗證本機場夜間搶救之綜合協調能力及能量，提升災害之應變能力。
95/4/6本站94年度為民服務考核成效優良，獲頒交通部服務品質獎肯定，並接受部長頒獎。
96/2/5本站李主任調職，由曹主任仁剛接任主任
96/2/16本年春節期間持續進行春節包機對飛，對飛地點增加為北京、上海、廣州及廈門。
97/3/31日本亞細亞航空高雄-東京之飛航改由母公司日本航空於97/4/1接替，結束26年之飛航任務
97/7/4兩岸航線進入平日包機首航，初期僅開闢杭州上海及深圳三機場
97/9/24本站聯合高雄市府首次辦理場外空難救災演練(地點：小港大坪頂山區)，共動員20多個單位及300餘人，強化場外空難演練協調及運作
98/3/16本站曹主任退休由洪主任義雄接任
98/8/8莫拉克颱風創南台灣，本機場支援怪力、棧板、小貨車等裝備，協辦空運物資機邊驗放，辦理北京救災物資專機運送，全力發揮空中運輸功能，完成支援救災任務。
99/1/16本餐洪主任退休由朱主任耀光接任
99/5/4本機場觀景台揭幕啟用，該區域設有飛機原理解說、模型、望遠鏡及休息座椅，讓機場成為附近居民及學生一個純欣賞休憩的好去處。
99/7/7 陸籍廈門航空首航高雄-廈門及福州航線為本站第一條兩岸定期直航航線，為本機場大三通開啟精采序幕
100/9-102/12
國際航空公司陸續開闢兩岸直航航線，計13條航線，本時期堪稱高雄機場第二個「黃金十年」。
99/12/7慶祝免稅店ROT案啟動周年：在機場成長過程免稅商店亦佔有一定貢獻，本站自98年將國際線內候機室以「ROT」模式經委由昇恆昌免稅店公司經營，為期12年，迄今(103年)已為本站創造32億以上之各項收入，堪稱公私夥伴合作之典範。
100/8/11屏東航空站因高鐵加入西部走廊陸路運輸，島內空中運輸量大幅衰退，再加上高屏兩機場相距過近，該機場之運輸綜效已逐步降低，基於績效考量，屏東航空站自即日起走入歷史。
100.10.5本機場南部飛航園區正式啟用，本案係民航局10年「通訊、導航、監視與飛航管理(CNS/ATM)發展建置計畫」，耗資44億元，利用最新之衛星通訊-先進雷達等科技裝備，為南部空運管制服務提供卓越先進而安全之服務。
101/9/1 長榮地勤公司正式進駐本場，此為本場第二家專業地勤公司，為本機場地勤作業提供更充足更多元化之服務。(附照片86)
101/10/1本站免稅店ROT案經主關機關工程會評選為行政機關「優等」，獲頒獎牌鼓勵，亦為公私夥伴關係塑造優良典範。
101/12/27本站101年度為民服務整體績效再度獲交通部評選為「第一線服務機關」第二名，服務成效有目共睹。
102/1/28本站舉辦機場婚禮儀式，此為全國各機場首創，溫馨感人，深刻難忘，當日媒體均大幅報導，強化機場行銷及為民服務印象。
102/3/29迎接大陸「山西運城關聖帝君神像」入境本機場，來台進行繞境祈福活動，此為本場第二次辦理大型宗教入境儀式，當日各界長官及鴻海郭董事長及數千信徒齊聚本場場面莊嚴熱鬧。
102/6/10長榮首航高雄-韓國首爾，此為本機場第一條與韓國首都之直飛航線，對開闢東北亞航線深具意義。
102/10/27大陸春秋航空首航高雄-上海航線，此為本機場第一家進駐之低成本(LCC)航空公司
103/5/27本站出席ACI(國際機場協會)年會獲主席頒發機場減碳認證等級二標章，此為第二座通過認證之華人機場(第一座為香港赤臘角機場)，寫下國內機場環保減碳運動之里程碑。
103/6/9及11/18與大陸昆明及鄭州機場締結姊妹機場，為本機場辦理締結姊妹機場展開序幕。
103/6/2本站積極鼓勵員工參與社團活動，本年男女同仁組成機場龍舟隊參加高市競賽，榮獲參加4年來第一次機關混合組冠軍，殊為難得。
103/7/2華航新闢高雄-哈爾濱航線本站首次飛進大陸東北地區，服務範圍日漸廣大。
截至103/12/31兩岸線之旅客數已由99年啟航時之8萬人次成長近12倍至104萬人次，佔國際線營運量比率由原3.11%成長至24.97%。
103/9/16配合國防部辦理漢光演習之徵用民航機演習科目，協調遠航及復興3架航機，順利完成後備軍人徵調及運補任務
103/12/18台灣虎航新闢高雄-澳門航線，此為國內低成本航空公司首次進駐本場，亦為本場爭取為LCC之基地(Hab)機場又向前邁向一步。
截至103年12月底本站計有18家航空公司(國籍7家：中華、長榮、復興、華信、立榮、遠東、臺灣虎航)；外籍11家(日本航空、港龍、越南、澳門、廈航、東航、南航、春秋、吉祥、釜山、樂桃)經營東京、關西、香港、澳門、馬尼拉、胡志明、曼谷、河內、新加坡、仁川、釜山、上海、廣州、深圳、杭州、寧波、福州、廈門、青島、長沙、北京、重慶、南寧、鄭州、天津、昆明、成都、武漢、濟南、徐州、南京、南昌、太原、海口、桂林等35條定期航線。
103/12/30民航局首位女局長沈啟於退休前與同事開心合影留念
104/2/1日本香草航空飛航高雄-大阪，此為本場計大陸春秋、日本樂桃、韓國釜山、台灣虎航之第5家LCC航空公司，顯見本機場正朝向LCC 之Home Base而繼續努力。
104.2.6大陸籍海南航空(大陸第四大)首航高雄-蘭州，成為本站自廣州、東方、南方、春秋、吉祥後第6家陸籍航空公司進駐本場。