84年本站成立30周年。

在慶祝成立30年之後，本站卻必須面臨航廈硬體面積無法配合國內外旅客快速成長之事實，因此民航局即於81年依據高雄機場主計畫，著手於現有國內航廈西側400公尺處斥資近百億興建國際線專用航廈及附屬設施(如汙水處理廠，焚化爐、維修棚廠等)，施工約5年，最終於86/1/11正式啟用，本站正式邁向雙航廈時代。

86/4/18李前總統於本機場國際線航廈啟用後特至本機場視察相關作業並慰問同仁，此為現任元首第一次至高雄機場視察，殊感難得。
此後本站國際航線陸續爭取，如長榮航空於87/6/11開闢高雄-洛杉磯之航線，此為本站第一條高雄直飛美國之洲際航線，意義重大，代表高雄機場無論在地勤、加油空餐、維修棚場等均有能力處理洲際航線之開闢，啟用當天林部長、高高屏等地方首長均出席，顯見地方對此一航線之重視。

88/11/1本站第一座專屬維修棚廠正式啟用，高雄之前僅有立榮航空設立維修棚廠，航站本身無專有之棚廠，本棚場啟用後，對提升本機場飛機維修之能量助益甚大。啟用初期由立榮航空租用一半之面積當作飛機維修棚廠(現由飛特立航空及中租迪和租賃集團租用)

89/1/16本機場之航空貨運站高雄倉庫自本日起完成民營化作業並更名為「華儲股份有限公司高雄分公司」，自此以後貨運業務正式委由民間經營期限為20年，希望藉由民間靈活多變及彈性，以提升機場之貨運績效及服務品質。

89/9/16：本站莊主任博光調機場過境旅館總經理，新主任由周主任文軍接任。
90/6/1：本站比照中正站(現為桃園機場公司)正式成立中控室，將清潔、旅客動態、緊急維修通報、貴賓禮遇等作業改由24小時輪值，提升本機場之應變能力及效率。

92.1.23原跑道(09R/27L)因距離較短且兩跑道間間距不足，無法同時起降，功能受限，據此公告廢止並改為S滑行道，本機場又回到單跑道作業，原09L/27R跑道更名為09/27跑道。

91.3.3：在兩岸關係逐漸和緩之際，宗教界開始試圖突破兩岸無法直航之限制，經專案申請大陸佛牙舍利子經松山轉至高雄展示，當日南部佛教團體均親臨現場觀禮，南部政經人士亦自動前往本機場迎接，儀式順利，萬人爭睹，盛況空前，顯見本機場在兩岸宗教交流也極具有地位哦。


92.5.24呂副總統為了解本機場防範SARS疫情入境之篩檢隔離等措施特南下視察，本站周主任文軍及大局黃副局長陪同說明，確實落實各項防疫工作。

92/10/7本站周主任調職，主任一職由李主任燦煌接任。
92/11/3本機場第三代塔台於機場北側新址正式成立，該址可減少因新國際航廈啟用後之管制死角，進一步提升航機離到場及空側管制之安全性。

93/1/11恆春站成立，當日由陳總統主持，高高屏各界首長均親臨參加。