主任：空港業務を総括、所属スタッフを指揮・監督・指導。
副主任：主任の空港業務処理を支援。
業務班：空港の運営・設備メンテナンス・旅客サービスなどの事項を担当。
土木グループ：空港の各種設備・装備の管理・メンテナンスなどの事項を担当。
航空業務班：航行の安全・航空スタッフおよび航空機器の検査・空港の消防・救急車などの事項を担当。
企画管理グループ：年間政策計画、調査・検討、個別規程、書類、財産、出納、その他雑務などの管理全般を担当します。
会計室：会計・歳計・統計などの事項を担当。 人事室：人事管理業務を担当。
風紀室：モラル考査・風紀監督/指導を担当。
運営安全グループ：情報業務・ターミナル動態・清掃メンテナンス・弱電工事メンテナンス/管理などの事項を担当。
恒春空港：航空安全、ターミナル運営管理、飛び地保安事件や各種災害への緊急対応、その他空港から割り当てられた業務を担当。