在本站營運的國際航線航空公司現有21家，其中香草、酷航及馬亞洲為2015年新增之航空公司，並有桃園(轉機)、日本、韓國、菲律賓、越南、泰國、馬來西亞、新加坡、港澳、中國等多條定期航線，另有各航空公司不定期推出飛往柬埔寨、日本、韓國及中國大陸等著名觀光城市之包機航線。國際航線航機每日起降約87架次，入出境旅客約13,324人次，載運貨物約164公噸。最短轉機時間為65分鐘。

國內航線共有5家航空公司營運，並有馬公、金門、花蓮、望安及七美等5條航線，航機每日起降約58架次，搭乘旅客約3,119人次，載運貨物約9噸。

國際

航空公司：中華、長榮、復興、華信、立榮、遠東、臺灣虎航、日本、港龍、越南、澳門、廈門、中國東方、中國南方、春秋、吉祥、釜山、樂桃、香草、酷航、馬亞洲等21家

航線

定期航線：

• 桃園(轉機)
• 日本：東京成田、大阪、熊本、福岡、琉球
• 韓國：首爾仁川、釜山
• 菲律賓：馬尼拉
• 越南：胡志明市、河內
• 泰國：曼谷
• 馬來西亞：吉隆坡
• 新加坡
• 香港、澳門
• 中國：北京、上海浦東、深圳、廣州、成都、昆明、廈門、福州、重慶、杭州、寧波、青島、長沙、鄭州、天津、合肥、南寧、武漢、太原、南昌、南京、徐州、常州

包機：不定期飛往柬埔寨、日本、韓國及中國大陸等著名觀光城市之包機航線

國內

航空公司：華信、復興、立榮、遠東、德安等5家

航線：馬公、金門、花蓮、望安及七美等5條航線

本站之非商業類航空業務為消防救難業務，以空勤總隊為主管機關，用地約4838平方公尺，2015年總起降458架次。空勤總隊業務任務如下：

• 救災：支援各種天然災害及重大意外事故等災害搶救之空中救災。
• 救難：支援山難搜尋、水上救溺及海上救難等人命搜救的空中救難 。
• 觀測偵巡：支援災情觀測、重大緊急犯罪空中監視與追緝、海洋空偵巡護、交通空巡通報、環境污染調查、國土綜合規劃空勘航攝等空中觀測偵巡。
• 運輸：支援救災人員、裝備、物資之運送等空中運輸。
• 救護：支援緊急醫療之空中救護、轉診、器官移植的空中救護。