主任：綜理站務，指揮督導所屬人員。
副主任：協助主任處理站務。
業務組：掌理場站之營運管理、設備維護與旅客服務等事項。
維護組：掌理場站各項設施及裝備之管理與維護等事項。
航務組：掌理飛航安全、航空人員及航空器之查驗、機場消防、救護車等事項。
企劃組：掌理年度施政計畫、研究發展、業務考管、單行規章及會議等事項。
總務組：掌理文書、事務、財產、出納、一般行政及不屬其他各組事項。
會計室：掌理會計、歲計、統計等事項。
人事室：掌理人事管理業務。
政風室：掌理品德考核、政風督導。
中央控制室：掌理資訊業務、航站動態、清潔維護及弱電工程維護與管理等事項。
督導航站：恆春航空站